资 源 简 介
AnaFold is een programma ontwikkeld en geschreven door studenten van de Hogeschool Avans Breda in opdracht van Guido Jenster van de afdeling Urologie van het Erasmus MC. Anafold is ontwikkeld om de positie van microRNA’s te toetsen op de 2-dimensionale structuur van precursor miRNA’s, zoals snoRNA’s.
De 2D structuur van een precursor miRNA’s bestaat uit een stam en een loop, of een meervoud hiervan. miRNA’s worden doorgaans gevonden op de stamstructuur van de precursor miRNA’s. Er wordt vanuit gegaan dat een overgroot gedeelte van de potentiële miRNA’s zich op de stemstructuur van de desbetreffende precursor miRNA zullen bevinden.
AnaFold is geschreven en ontwikkeld in Java. Naast Java wordt er gebruik gemaakt van een toegankelijke MySQL server en CentroidFold (Sato, Hamda, Asai, & Mituyama, 2009) (Hamada, Kiryu, Sato, Mituyama, & Asai, 2009). CentroidFold is software welke de secundaire RNA structuur van een RNA sequentie voorspeld. Hiernaast moet handmatig
